錦田河流域的上游地方大部份的基岩是火山岩,主要是凝灰岩。由火山岩形成的山脊多數都高聳狹窄,所以錦田河上游流域的山,如雞公嶺和大刀屻山坡的兩側山坡均十分陡峭。錦田河東面的觀音山,以及東南面清潭村至甲龍的基岩都是花崗閃長岩。西南面馬鞍崗的則是花崗岩,由於花崗岩易於被風化和侵蝕,所以錦田河流域的西南面地勢較低,植被亦較稀疏,還會出現沖溝等劣地地貌。

至錦田河中游,在錦田和八鄉一帶的錦田平原上沉積沖積物,造成廣闊的沖積平原,沖積物主要是黏土、沙和礫石。根據地質分析,錦田河下游南生圍至錦田市一帶在六千年前原本是個海灣,之後海灣後退至現時的后海灣,露出了昔日在海床的海洋沉積物,主要成份是柔軟的黏土。

錦田河的幹流可能是沿著一條西北/東南走向的斷層發展,斷層由石崗伸延至南生圍。此外,錦田河流域被兩條平行的東北/西南走向的斷層穿越,深井斷層形成了大刀屻與觀音山之間的鞍形山口,小欖斷層則形成了馬鞍崗和大刀屻與雞公嶺之間的鞍形山口。錦田河沿著這兩組交叉的斷層侵蝕,形成了菱形的錦田平原。


雞公嶺和大刀屻由火山岩組成(攝於大帽山)


雞公嶺的V形谷


馬鞍崗以西的分水嶺由花崗岩組成


錦田河下游夾雜有貝殼的海洋沉積物(大生圍)

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